رئیس مجلس شورای اسلامی می‌گوید «نحوه عملیات» اسرائیل در بامداد ۲۳ خرداد که منجر به کشته شدن فرماندهان ارشد نظامی جمهوری اسلامی شد، باعث غافلگیری و شوک در ایران شد.
محمدباقر قالیباف شامگاه پنجشنبه ۱۹ تیر در یک برنامه تلویزیونی اعلام کرد: «ما در نحوه عملیات آنها غافلگیر شدیم... در همان لحظه اول فرماندهان ما را زدند، یعنی حدود ساعت ۳ صبح کار خود را با زدن فرماندهان ما آغاز کردند.»
بر اثر این حملات اسرائیل که آغازگر جنگ ۱۲ روزه با ایران شد، رئیس ستادکل نیروهای مسلح، فرمانده‌کل سپاه پاسداران، فرمانده قرارگاه خاتم‌الانبیا سپاه، فرمانده نیروی هوافضای سپاه و چندین مقام نظامی دیگر و همچنین دانشمندان هسته‌ای ایران کشته شدند.
در روزهای بعد نیز حملات اسرائیل باعث کشته شدن رئیس سازمان اطلاعات سپاه و معاونان او شد. همچنین علی شادمانی، فرمانده جدید قرارگاه خاتم‌الانبیا، که جانشین غلامعلی رشید شده بود، تنها چهار روز پس از انتصاب در حمله دیگر اسرائیل کشته شد.
رئیس مجلس شورای اسلامی همچنین گفت که اسرائیل در آغاز حمله خود «مغزهای ما که طراحی ها را انجام می‌دادند و باید طراحی های خود را فرماندهی می کردند، مورد هدف قرار دادند.»
او اذعان کرد که اسرائیل سپس رادارهای پدافند را نیز هدف قرار داد.
آقای قالیباف ادامه داد که اسرائیل با هواپیماهای جنگنده اف۱۵، ۱ف۱۶ و اف۳۵ و همچنین موشک‌های «هواپرتاب» و بر اساس اطلاعاتی که از «شنودها، ماهواره‌ها و قطعا از نفوذی‌هایی که داشتند» این حملات را ترتیب دادند.
او افزود: «این نوع عملیات ما را غافلگیر کرد و باید بپذیریم که یک شوک به همه وارد شد.»
ارتش اسرائیل بعد از آتش‌بس اعلام کرد در جریان انجام هزار و ۵۰۰ پرواز عملیاتی در جنگ ۱۲ روزه علیه ایران، پنج نوع جنگندۀ این کشور بیشترین میزان پروازهای جنگی را انجام دادند.
محمدباقر قالیباف با این حال مدعی شده که جمهوری اسلامی ایران در «اصل جنگ» غافلگیر نشد و بامداد ۲۳ خرداد حسین سلامی، فرمانده‌کل سپاه، و امیرعلی حاجی‌زاده، فرمانده نیروی هوافضای سپاه، در «اتاق و سنگر فرماندهی» خود بودند.
این در حالی است که بر اساس گزارش‌های اولیه، حسین سلامی در خانه خود و امیرعلی حاجی‌زاده در نشستی با مقام‌های دیگر نیروی هوافضای سپاه مورد حمله قرار گرفته و کشته شدند.
رئیس مجلس شورای اسلامی همچنین ادعا کرده که علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در ساعت‌های اولیه حمله اسرائیل فرماندهان جدید را منصوب کرد و «به صورت حضوری آنها را توجیه کرد».
تا پیش از این هیچ گزارشی درباره شرکت رهبر جمهوری اسلامی در ۱۲ روز جنگ و چند روز پس از آن در جلسات با افراد دیگر منتشر نشده است.
از علی خامنه‌ای تنها سه ویدئوی ضبط‌شده در روزهای جنگ منتشر شد و خود او شامگاه ۱۴ تیر، پس از ۲۳ روز در یک مراسم عمومی شرکت کرد و در انظار دیده شد.
او مدت کوتاهی در مراسم عزاداری شب عاشورا که در حسینیه دفتر او برگزار شد، حضور یافت کرد و پس از آن نیز در هیچ برنامه عمومی دیگری شرکت نکرده است
در طول بیش از سه هفته‌ای که رهبر جمهوری اسلامی در مخفیگاه بود، صداوسیما و رسانه‌های ایران در تلاش برای توجیه یا عادی نشان دادن غیبت او بودند؛ با این حال غیبت خامنه‌ای از انظار عمومی در طول جنگ و پس از آتش‌بس در رسانه‌های مختلف و همچنین در شبکه‌های اجتماعی پرسش‌ها و واکنش‌های مختلف و پرشماری به دنبال داشت.
فعالان رسانه‌ای نزدیک به حکومت تا پیش از حضور علی خامنه‌ای در مراسم شب عاشورا تلاش می‌کردند اقامت او در پناهگاهی مخفی را امری عادی و حتی نوعی «تاکتیک رهبری» توصیف کنند، اما پس از مراسم شب عاشورا حضور او را در این مراسم «شجاعت» او خواندند.
مقام‌های جمهوری اسلانی می‌گویند در نتیجه حملات هوایی اسرائیل طی ۱۲ روز جنگ، بیش از هزار نفر در ایران کشته شدند. اسرائیل آمار تلفات خود بر اثر حملات موشکی ایران طی ۱۲ روز را ۲۸ تن اعلام کرده است.
از سوی دیگر روز اول تیر و در حالی که حملات هوایی ایران و اسرائیل به یکدیگر ادامه داشت، ایالات متحده با بمب‌های سنگرشکن و موشک‌ها به تأسیسات هسته‌ای فردو، نظنز و اصفهان حمله کرد.
دونالد ترامپ در چند نوبت گفته است که حملات آمریکا باعث نابودی کامل این سه تأسیسات شده است. درباره تأثیر این حملات بر کلیت برنامه هسته‌ای ایران برآوردهای اطلاعاتی متفاوتی منتشر شده است.
